Inštitut za biologijo celice
Biokemija - FKKT
Predavanja in vaje iz predmeta Celična biologija za študente
Fakultete za kemijo in kemijsko tehnologijo, smer biokemija, 2019/20
IZPITNI ROKI:
Izpitni in kolokvijski roki bodo objavljeni, ko bodo usklajeni s preostalimi predmeti študija.
PROGRAM VAJ 2019/20:
1. vaja - Izbrane metode svetlobne mikroskopije (07. 10. 2019)
- centriranje mikroskopa (Kohlerjeva osvetlitev)
- faznokontrastna mikroskopija
- risanje sheme preparatov
- umerjenje okularnega merilca
Literatura: Poglavja 1 in 2 (KNJIGA)
Protokol za vajo
1. Izračunajte ločljivost svojega mikroskopa pri vseh štirih objektivih.
2. Določite mikrometrske vrednosti pri 40-kratni, 100-kratni in 400-kratni povečavi.
3. Narišite shemo preparata P1, P2 ali P3 in jo označite.
2. vaja – Oblika in velikost celic (14. 10. 2019)
- risanje preparatov
- merjenje struktur
- jedrno-citoplazemsko razmerje
Protokol za vajo
1. Narišite, označite in izmerite visokoprizmatske in izodiametrične celice. Risbo opremite z naslovom in merilom.
2. Izračunajte jedrno-citoplazemsko razmerje v izbranem tipu celic epitelija na preparatu P. Dopolnite shemo in označite mesto izbranega tipa celic..
3. vaja - Fluorescenčna mikroskopija (21. 10. 2019)
- princip delovanja fluorescenčnega mikroskopa
- konfokalni mikroskop
- superresolucijska mikroskopija
- vrste označevalcev
- optično rezanje
- delo z imerzijskim objektivom
- demonstracija fluorescenčnega mikroskopa
Literatura: Poglavja 3 in 4 (KNJIGA)
Protokol za vajo
1. Narišite shemo stene sečnega mehurja in sliko urotelija.
2. V uroteliju smo označili uroplakine. Kateri označevalec je bil uporabljen? S katero vrsto mikroskopa sta bili narejeni mikrografiji A in B (priloga 1). Razložite razlike, ki jih opazite.
3. Katere vrste označevalci za fluorescenčno mikroskopijo so bili uporabljeni za ugotavljanje prisotnosti in razporeditve molekul v vzorcih na Sliki 2 A, B in E (Celična biologija Atlas mikrografij)? Katere kombinacije vzbujevalnega in zapornega filtra so bile nameščene v filterskih blokih). Odgovore vpišite v tabelo.
4. vaja - Kulture živalskih celic (28. 10. 2019)
- opazovanje živih celic v kulturi in trajnih preparatov celic v kulturi, obarvanih po Giemsi
- štetje celic s hemocitometrom
- primerjava med kulturo normalnih in malignih celic
- tkivno inženirstvo
- invertni mikroskop
Literatura: Poglavje 2 (KNJIGA)
Protokol za vajo
1. Na preparatih In vitro 1 in In vitro 2 ugotovite, na katerem so normalne in na katerem so rakave celice.
2. Izračunajte povprečno koncentracijo celic v suspenziji (št. celic/ml).
3. Določite delež preživetja kvasovk po tretiranju s citronsko kislino.
4. Kakšne sisteme in vitro lahko pripravimo iz koščka sečnega mehurja, ki ga prikazujeta Sliki 1 A in B (Celična biologija Atlas mikrografij)?
5. Na Sliki 32 (Celična biologija Atlas mikrografij) so celice v kulturi v različnih fazah celičnega cikla. Poiščite podatke, kako je možno narediti sinhronizacijo celičnega cikla, po kateri so vse celice v isti fazi.
5. vaja - Priprava histoloških preparatov (04. 11. 2019)
- priprava histoloških preparatov
- PAS reakcija
- alciansko modrilo
- Feulgenova reakcija
Literatura: Poglavje 7 in 11 (KNJIGA)
Protokol za vajo
1. Narišite epitelijske celice želodčne jamice - reakcija PAS. S pomočjo mikrografije v Atlasu mikrografij narišite ultrastrukturo apikalnega dela mukoidne celice.
2. Narišite epitelijske celice črevesne resice - alciansko modrilo. Vašo meritev primerjajte z velikostmi, kot jih ugotovite s presevnim elektronskim mikroskopom (Celična biologija Atlas mikrografij).
3. V tabelo vpišite glavne razlike med zamrznjenimi in parafinskimi rezinami.
6. vaja - Elektronska mikroskopija (11. 11. 2019)
- princip delovanja TEM in SEM
- priprava preparatov za elektronsko mikroskopijo
- demonstracija elektronskih mikroskopov in laboratorija
- 3D rekonstrukcije
Literatura: Poglavja 5, 6, 8, 9 in 17 (KNJIGA)
Protokol za vajo
1. Narišite shemo preparata tankega črevesa in označite na katerem delu poltanke rezine bi izdelali piramido za rezanje ultratankih rezin, ki bi vsebovale črevesni epitelij z bazalno lamino.
2. Naredite tabelo in primerjajte način fiksacije, debelino preparata in način kontrastiranja v svetlobni, transmisijski elektronski in vrstični elektronski mikroskopiji. Vpišite, katere mikroskopske tehnike omogočajo opazovanje jedra in mikrovilov.
7. vaja – Kriometode v elektronski mikroskopiji (18. 11. 2019)
- teoretske osnovne fizikalnih fiksacij
- različni zamrzovalni postopki
- postopek zamrzovalnega lomljenja, demonstracija aparature
- razlaga mikrografij
- korelativna mikroskopija
- 3D analiza makromolekul pri atomski ločljivosti
Literatura: Poglavje 10 (KNJIGA)
8. vaja - Označevanje celičnih sestavin I (25. 11. 2019)
- reakcijski produkti encimskih histokemičnih reakcij v svetlobni in elektronski mikroskopiji
- avtoradiografija
Literatura: Poglavja 14 in 12 (KNJIGA)
Protokol za vajo
1. Narišite in označite preparat peroksisomi v ledvičnih kanalčkih – encimska histokemija proti katalazi.
2. Kakšen mora biti končni reakcijski produkt encimske histokemije, da je
primeren za opazovanje s svetlobnim ali s presevnim elektronskim mikroskopom? Kakšne barve je končni reakcijski produkt histokemijske reakcije na preparatu kisla fosfataza v ledvičnih kanalčkih?
3. V tabeli primerjajte preparat peroksisomi v ledvičnih kanalčkih in Sliko 14 v Atlasu mikrografij (način fiksacije, histokemijsko metodo in informacije, ki jih dobimo).
4. Zapišite in utemeljite zasnovo eksperimenta, s katerim bi preverili hipotezo, da površinske celice v epiteliju sluznice grla izvirajo iz bazalnih celic. Shematsko predstavite glavne korake eksperimenta od izbire vzorca do opazovanja s svetlobnim mikroskopom. Kakšni rezultati bi potrdili hipotezo?
9. vaja - Označevanje celičnih sestavin II (02. 12. 2019)
- imunohistokemija
- in situ hibridizacija
- lektinska histokemija
Literatura: Poglavja 11, 15 in 16 (KNJIGA)
Protokol za vajo
1. Narišite epitelij grla in označite, kje se nahajajo citokeratini.
2. Zakaj je za ugotavljanje latentnih okužb z virusi metoda in situ hibridizacije primernejša od imunocitokemije?
3. Narišite črevesni epitelij in označite mesto galaktoznih preostankov. (Preparata visokoprizmatske celice-prebavni trakt in RCA-HRP črevo.)
4. Ali z elektronskim mikroskopom lahko ugotovimo prisotnost glikokaliksa brez specifičnega označevanja sladkornih preostankov? Svojo trditev utemeljite s pomočjo Atlasa mikrografij.
04.12.2019 - Datum oddaje delov seminarja Uvod in Materiali in metode
10. vaja - Napredne metode mikroskopije (09. 12. 2019)
- 3D rekonstrukcije celičnih struktur
- opazovanje procesov v živih celic
- korelativna mikroskopija
Protokol za vajo
OZADJE. Golgijev aparat ima ključno vlogo pri sortiranju produktov med polarizacijo epitelijskih celic. V mediju, ki vsebuje Ca2+ se tvorijo tesni stiki, v mediju brez Ca2+ pa ne. Struktura in vloga Golgijevega aparata pri tem nista znani.
NAMEN. Proučiti Golgijev aparat med polarizacijo urotelijskih celic.
SPECIFIČNI CILJI. 1. Pokazati celično razporeditev Golgijevega aparata v različno polariziranih urotelijskih celicah.
2. Pokazati 3-D ultrastrukturno organizacijo Golgijevega aparata v nepolariziranih in polariziranih urotelijskih celicah.
HIPOTEZA. Golgijev aparat se med polarizacijo urotelijskih celic prerazporedi in preuredi.
NALOGA. Shematsko opišite potek metod, s katerimi bi odgovorili na zastavljena specifična cilja in potrdili/ovrgli hipotezo.
11. vaja - Raziskovalna vaja I: Laboratorijsko delo (16. 12. 2019)
20.12.2019 - Datum oddaje celotnega seminarja
12. vaja - Raziskovalna vaja II: Predstavitev rezultatov (07. 01. 2019)
Navodila za pisanje seminarja iz raziskovalnega dela
Navodila in obrazec za pisanje seminarja dobite v datotekah: navodila, obrazec.
Pri pisanju seminarja si pomagajte s preglednim člankom Kreft et al., Formation and maintenance of blodd-urine barrier in urothelium.
Seminarji iz raziskovalnega dela
Izdelane seminarje najdete na spodnjih povezavah.
Seminar Transportni vezikli - vajalnica 1
Seminar Transportni vezikli - vajalnica 2
Seminar Apikalna površina - vajalnica 1
Seminar Apikalna površina - vajalnica 2
-----------------------------------------------------------------------------------
Študenti morajo pred vpisom ocene vrniti skripto!
1000 Ljubljana
F: +386 1 543 7681
Predstojnik: po dogovoru preko e-pošte