Oddelek za strokovno zdravstveno dejavnost Medicinske fakultete sestavljajo:
Inštitut za mikrobiologijo in imunologijo, ki ga vodi predstojnik izr. prof. dr. Miroslav Petrovec. Strokovno zdravstveno dejavnost predstavlja izvajanje več kot 600 različnih najnaprednejših laboratorijskih diagnostičnih preiskav za dokaz mikrobnih povzročiteljev nalezljivih bolezni in njihove občutljivosti oz. odpornosti na protimikrobna zdravila ter za ugotavljanje prirojenega in pridobljenega protimikrobnega imunskega odziva.
Inštitut za patologijo, ki ga vodi predstojnik izr. prof. dr. Jože Pižem, predstavlja slovenski zdravstveni vrh na področju patologije. Inštitut vključuje diagnostično kirurško in internistično biopsijsko patologijo, citologijo in avtopsije.
Inštitut za sodno medicino, ki ga vodi predstojnik izr. prof. dr. Tomaž Zupanc izvaja specialistično dejavnost sodne medicine, ki vključuje mrliško pregledno službo, obdukcijsko dejavnost, toksikološki laboratorij in izvajanje 24 urne dežurne službe s področja svoje dejavnosti.
V okviru oddelka za strokovno dejavnost so sistemizirani tudi posamezni centri in laboratoriji za strokovno zdravstveno dejavnost.